用電滲析器制取淡水，應根據原水濃度、淡水產量和脫鹽指標來選擇運行方式，以期受到良好效果。一般電滲析脫鹽工藝分為連續式和循環式兩種。
　　1、連續式：
　　①一等一段(或多段)一次脫鹽：一等一段是指原水經過膜堆內部的并聯隔板之后，直接流出淡水。而一等多段則是水流經過膜堆內部串聯各段之后流出淡水。因為從電滲析器流出的水，就是制得的淡水，故稱為一次脫鹽。一等多段一次脫鹽有兩種組裝形式：在一對電極之間，利用換向隔板構成多段串聯，便可制得高脫鹽率的淡水，此種形式適用于小規模；在一對電極之間，串聯幾個小膜堆。這兩種形式雖然脫鹽率高，在電滲析過程中，隨著淡水含鹽量逐漸下降，將導致各段電流密度分配不均，為此，需要通過實驗調節各段的膜對數。隨著串聯的對數增加，水流阻力也相應地增加，所以不應組裝過多的段數，這就限制了淡水的產量。
　　②多級多段一次脫鹽：多級多段一次脫鹽，指原水依次通過多臺一等一段的電滲析器，同時進行串聯脫鹽。也指設有共電極的一臺電滲析器，進行多級多段串聯。關于串聯級數，應根據原水濃度、淡水指標以及電滲析器的工作性能而定。每級脫鹽率為25~60%，串聯級數一般為2~6級，可以連續制水，不需要進行淡水循環即能達到要求的脫鹽率，適用于大型制水部門，工礦企業采用較多。耗電量省，各級電壓容易調整，可以保證淡水質量。對于這種裝置的濃水系統，濃水可直接排放掉，也可再循環使用。濃水循環不僅可以減少排污量，而且因濃水的濃度提高，從而減低膜堆電阻，降低耗電量。但是濃差擴散速度也隨之加大，即降低膜的選擇透過性，同時影響電流效率。因此濃水循環到達一定濃度后，還是應該連續排放一些。對于濃水和淡水的濃度比例，可以通過實驗來確定。濃水系統的排放，可以通過極水排污來解決。
　　2、循環式：分批循環脫鹽：是指濃水和淡水分別通過各自的循環槽進行循環，一直達到要求的淡水指標為止，然后再開始另一批處理；連續部分循環脫鹽：以部分循環脫鹽，同時連續生產淡水的新形式。在這種系統中，淡水和濃水分別進行循環，當達到淡水的出水指標后，啟開淡水排放閥門，便連續送出淡水，同時補充加入等量原水到循環水槽中去。這種使淡水進行部分循環的方式，可以滿足廣泛的脫鹽范圍要求。